農業用地於持有期間內未作農業使用，移轉時繳納前手出售農地申請不課徵其持有期間應負擔之土地增值，可做為費用減除

農業用地移轉經核准不課徵土地增值稅後，土地承受人於持有期間內，曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事時，於再移轉時應課徵土地增值稅。此為土地稅法第 39-2 條第2項明文規定。

購買或受贈農地時若申請不課徵土地增值稅，則其前次移轉現值或原規定地價仍停留在前手取得之原點，之後該農業用地未作農業使用再移轉時，仍應以原地價計算漲價總數額，課徵土地增值稅。

舉例說明：

陳先生於100年向張先生購買一筆農業用地，移轉時申請不課徵土地增值稅，該農地前次移轉現值或原規定地價為90年5月每平方公尺300元，陳先生購買後於103年經有關機關查獲該土地未作農業使用，並通知於期限內改善，但陳先生仍未恢復作農業使用，則陳先生於105年移轉時，該土地是無法申請不課徵土地增值稅(因農證申請不到)，其105年公告土地現值為每平方公尺1200元，則陳先生應納稅額應以張先生原取得的300元為原地價，計算土地漲價總數額來課徵土地增值稅。

個人房地合一新制課稅所得，係以房、地成交價減除原始取得成本、相關必要費用及依土地稅法規定計算之土地漲價總數額為之計算。因已減除土地增值稅稅基之土地漲價總數額，故不得再行減除土地增值稅。 

惟個人交易之土地，購入時原為作農業使用之農業用地，後因轉為他用途，致出售農地所有權時，經地方稅稽徵機關依土地稅法第39條之2條規定，併同補徵前手及本人持有期間之土地增值稅，該實際由本人繳納前手持有期間土地漲價所應繳納之土地增值稅，則可做為「費用」減除。

進一步說明，計算個人房地合一課稅所得時，僅可減除本人持有期間之土地漲價總數額，不能減除屬前手持有期間之土地漲價總數額，至於本人實際負擔繳納屬於前手部分之土地增值稅，於計算房地合一課稅所得時，例外得列為費用減除。而該得減除之土地增值稅金額，應以本次交易繳納之全部土地增值稅，按其未自房地課稅所得減除之土地漲價數額占本次交易之全部漲價總數額之比例計算。

舉例說明：

甲於94年1月買進農地一筆，持續做為農業使用，並於104年4月將農地出售給乙，出售時，甲依土地稅法第39條之2第1項規定，申請其持有期間(94年1月至104年3月)之土地漲價總數額，不課徵土地增值稅；乙買入後，將該農地轉作他用途，又於105年6月將該地出售給第三人，稅捐稽徵機關依土地稅法第39條之2第5項規定，以94年1月至105年6月間之土地漲價總數額，核算乙君應繳納之土地增值稅。

故乙君繳納包括前手甲持有期間(94年1月至104年3月)之土地增值稅，惟乙君計算房地合一課稅所得時，依規定僅得扣除本人自104年4月至105年6月持有期間之土地漲價總數額。

至於乙君實際負擔繳納前手持有期間(94年1月至104年3月)土地漲價部分所生之土地增值稅稅額，另得作為乙君移轉費用來扣除。